第十六集
郑成功把自己的想法告诉了杨旭，两人合计一边谈一边拖，争取时间为北伐南京做准备。
和谈的消息传到台湾，瞄南实丁担心郑成功会借清政府的力量来进攻台湾，揆一却认为不可能，他说清政府不会信任一个投降的将领，再说清廷根本没有认识到台湾的重要性，他们不懂得什么是贸易。揆一要求召开评议会，向巴达维亚总部请求援军，他说郑成功的眼睛不是盯着北方，而是盯着台湾。
清廷下了最后通牒，可以让出漳、泉、惠、潮四府，并免去李率泰福建总兵的职务，封郑成功为海澄公，但郑成功必须削发，叶成海想了个办法，一边削发，一边宣诏，这样既顾了郑成功的面子，又不失大清的威严。
马信在率军征粮途中救了奄奄一息的黄梧，昏迷之中的黄梧一直在说自己手刃了300清兵，清醒过来后他让马信再给他两千兵马，他要去殉国难。马信说你要去自己去，别拉上我马信的子弟兵作陪葬。
郑泰从南京回来带来消息，柳圆圆已被清兵掳去南京，黄梧说一个女子都能只身前往南京为国赴死，而你国姓爷却在这儿与清廷媾和。郑成功说自己就要打南京了，你黄梧可以随我一起北伐南京。黄梧有些紧张地问郑成功该不是惦记柳圆圆吧。黄梧说自己一向致力于驱逐满清，恢复中原，和柳圆圆更是多年的知音、知己，希望国姓爷成全他们。黄梧说着一把撕下外袍，袒露后背，"大明、圆圆"四个大字赫然在目。黄梧说我此身一为大明，二为圆圆。
郑渡见哥哥迟迟没有动静便以死相逼，郑成功说我一日不削发受诏，父亲一日可保平安；我如果苟且屈膝，削发受诏，则我们父子命运都难以预料也！
马信、杨旭等将领对郑成功漫长的和谈也不理解，陈永华解开了他们心中的疙瘩。
一年多的谈判也使得清廷失去了耐心，郑成功倒是趁机扩充了兵马，叶成海只好带着郑渡返回北京。叶成海问郑成功真的要做逆子？郑成功说忠孝不能两全，自己只能择其一。叶成海说其实可以两全，你既可以孝父亲有可以忠朝廷，忠哪个朝廷不都可以做忠臣吗？郑成功说，你别忘了，清廷与我有杀母之仇。
海边临别，叶成海有些不解地对郑成功说，本来可以共享天伦之乐，何来此生离死别之苦。谁的天下你我不还是臣子？
郑芝龙一家十几口在清兵的押送下，艰难地向流放地宁古塔行进。郑渡赶了回来，他告诉了郑芝龙翁子在清兵便攻入安平时大娘被迫自尽了。叶成海也赶来送郑芝龙，他把自己的披风送给郑芝龙，他说天下归顺本是一件好事，早知今日，当初也不该出招降郑芝龙的主意。郑渡说我大哥惦记大明的兴亡。叶成海苦笑，兴，百姓苦；亡，百姓苦。
和谈破裂，李率泰也官复原职，想起自己被贬官，李率泰对郑成功恨之入骨，他告诉马得功，郑成功通洋贸易，一靠海路五大商行，二靠山路五大商行，山路一旦摧毁，单余海路也是无能为力。
正要准备北伐却断了木材，郑成功命令陈永华前往福州，陈永华率丐帮弟子用计运去了木材。
郑成功完全控制了台湾海峡，并断绝了对台湾巴达维亚的贸易，揆一几乎陷入了困境，他亲自前往福州与李率泰商议共同对方郑成功，可李率泰开出的条件又是揆一无法接受。
郑泰也从长崎运了许多铅铜回来，他说荷兰商人传话，请求开放同台湾和巴达维亚的贸易，揆一近日将派瞄难实丁来和国姓爷谈判。郑成功说谈判还不到时候，要逼得揆一走投无路再和他谈。
揆一派瞄南实丁和何斌前来和郑成功谈判，在郑府，瞄难实丁竟然遇见了琳达，他说你哥哥找你找得快发疯了。郑成功这才知道自己爱上的竟然是揆一的妹妹。
郑成功质问琳达，是不是揆一派你来卧底吗？琳达说我隐瞒自己的身份，是希望你是因为我这个人而接纳我，我不要我哥哥成为我们之间的阻碍。郑成功长叹：我们今生没有缘分。郑成功推开琳达：只要你在我的面前，我就会想起你哥哥的种种罪行，我没有办法向台湾的百姓交待。琳达说你以前不是说看见我就会想起绚丽的彩云吗？
何斌将自己花数年心血绘制的台湾地图和鹿儿门地形图交给了郑成功。
第十七集
何斌和郑成功接触引起了瞄难实丁的怀疑，郑成功让杨旭用减少一年贡税的条件换下何斌，瞄难实丁不解，杨旭说国姓爷说杨旭吃里扒外，要把他杀了，用来祭旗！
回到台湾，揆一对谈判的结果很不满意，他怀疑何斌与郑成功勾结，出卖了荷兰人的利益，描南实丁说何斌尽职尽责，被郑成功打得皮开肉绽，现在还躺在床上呢！
瞄难实丁要带琳达回台湾，琳达坚决不同意，她说自己一定要和心上人在一起。
瞄难实丁添油加醋地告诉揆一琳达被郑成功关押在厦门，揆一简直气疯了。他嚷嚷道，郑成功你竟然敢关押我妹妹，我们走着瞧。
揆一请郑成功到自己的船上谈判，而让贝德尔上尉埋伏在下面，郑成功早就看破了揆一的伎俩，数百艘战舰列队忽然出现在海面上将揆一吓得魂飞胆散，他被迫答应了郑成功的条件，但指责郑成功关押琳达。郑成功说你妹妹在厦门生活的很好，我可以把她毫发无损地交还给你。
郑成功送别琳达，他说我答应了你哥哥，我必须要讲信用，何况我们只是分别，不久就会见面的。琳达都快要哭出来了，她叮嘱郑成功，说话可要算数呀。
旌旗飘扬，波涛汹涌。郑成功坐在中军帅船上，号令北上，北伐南京。
第十八集
郑成功包围了南京城，正要攻城之时，却发现城墙上捆绑着柳圆圆。守城的清将也乞求郑成功，说清廷的规矩，过三十日城失，则罪不及妻儿，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降！
郑成功答应了清将的请求，黄梧却说不应该顾忌一个女人的生死。郑成功说你背上不是写着一为大明，二为圆圆嘛。黄梧说国姓爷应该看清楚是大明在前圆圆在后。
明孝陵，郑成功举起一杯酒缓缓洒在地上，祭奠先王。这天，他又看见了天上的彩云。
马信问郑成功，南京城的防卫几乎崩溃，此时不攻城更待何时？"郑成功说天下皆知我国姓军是仁义之师，既然已经做了承诺，我们就要遵守。我对南京有抹不去的深情，不能再让无辜的百姓惨遭灭顶之灾。
台湾阿里山山洞里，郭怀一和凯茵带着残余的起义部队躲在山洞里。何斌赶来告诉大家，国姓爷已经挥师北伐，现在已将南京城团团围住，不日就会攻克南京，接下来就要挥师东向，收复台湾。何斌说已经把鹿耳门的平面图交给了国姓爷，最近再好好测量一下鹿耳门的潮位，确保万无一失。
南京城外，黄梧已经失去了耐心，他拔箭弯弓射向柳圆圆，柳圆圆中箭从城头跌落。郑成功见状，愤怒地拔剑直指黄梧。
忽然间，呐喊一片，李率泰率援兵赶到，南京城的清兵也杀了出来，郑军将士促不及防，损失惨重。陈永华率丐帮弟子赶到，掩护郑成功撤上战船。
马信孤身一人闯到城墙下，他杀退清兵救出了柳圆圆。
郑成功的战舰向南撤退，将士们不少挂彩，柳圆圆也昏迷不醒，郑成功狂呼：天道在哪儿？！众将见此情景，黯然泪下。
(字幕：3年以后)
沈佺期隐居处，他告诉郑成功不必太计较一次战斗的得失，只要坚持弘复天道，就会有结果的，但一定不要优柔寡断，儿女情长就难免英雄气短呀。
郑家军处于低潮，军心浮动，连郑泰都怀疑国姓爷可能会就此垮了，他暗中让人另开商号，为自己留条后路。
郑芝魁仿佛有看到了希望，他说天天为了一点粮草和清兵打拉锯战，长久下去，郑成功肯定是消耗不起，黄梧建议他及早做打算。
柳圆圆的伤势已经痊愈，她拒绝的马信的挽留，说要到国姓爷府上陪董姐姐。
董夫人上山劝郑成功说，你能挺住，郑家军就垮不了。
议事厅内，众将领吵成一团，谁也不明白郑家军该往何处去。陈永华说服众将士的支持和理解郑成功。
陈永华劝郑成功尽快收复台湾，驱逐荷夷。郑成功说眼前必须先消灭来犯的清兵。
鹿耳门港道口，何斌和凯茵戴着斗笠，佯装正在垂钓，他们骗过了揆一也测量了水道的潮汐变化。
马得功前往台湾，希望能支持一部分火炮来对付共同的敌人郑成功，揆一这次摆起了架子，他说目前还没有共同的敌人，郑成功只要和我们进行合理的贸易就不是我们的敌人，至于火炮只要你出得起钱，就卖。马得功告诉揆一他身边有郑成功的奸细。
阿让了解了到何斌受郑成功的委托，暗中向商船征收捐税并鼓动山民囤积粮食，迎接国姓军。揆一大怒，下令逮捕何斌。在阿甘的掩护下，何斌逃脱追捕，躲到了山洞里。
第十九集
李率泰派人收买了马信的厨子，马信将自己的厨子送到国姓爷府中当，厨子密谋毒害郑成功，事情败露后，厨子诬陷马信，马信大怒杀了厨子，郑成功抓了马信。陈永华赶来将事情的原委道出，郑成功决定将计就计。
李率泰以为郑成功中计，派马得功率大批清兵杀来，马信斩了马得功。
郑成功告诉郑泰，想以台湾作为根基，然后巩固金厦和沿海诸岛，大做通往五洲四海的贸易，积聚粮饷，壮大队伍，进则可直取中原腹地，退则无后顾之忧。郑泰说就怕众将士知道后会有许多顾虑，郑成功说等攻下台湾，不但会接将士们的亲属去，还有将闽南的乡亲迁居台湾，开发台湾。
陈永华请命前往台湾进一步去测量、核实潮水、地形，并和郭怀一取得联系。
第二十集
转眼郑经已经十八，董夫人喊来柳圆圆，两人开始商量着要为郑经张罗婚事。婚礼当天，郑经却对新婚的妻子视而不见，两眼直盯着柳圆圆。
樊德朗被邀请参加了郑经的婚礼，郑成功又送他了名贵的中国瓷器，樊德朗彻底消除了对郑成功的敌意。而揆一依然很警惕，他认为危险正在加快步伐向荷兰人走来。樊德朗最终没有理睬揆一，而是南下攻打澳门去了。
郑成功独自抚琴，柳圆圆闻声而来，郑成功说我难忘与你第一次相遇时的琴声。柳圆圆问郑成功当初花五千两黄金是为抗清还是因为爱她？为何当初花了千金却不要她？为什么相互喜欢却不能走到一起，何况董夫人并不在意。郑成功说已经没有地方承载这份感情。柳圆圆说你心里已经被琳达占满了，可你忘了她是红毛鬼。郑成功说，她是红毛，但不是鬼。
郑经听见了他们的谈话，他喊来了董夫人。
董夫人走来，郑成功已经离去。董夫人安慰柳圆圆，如果不嫌弃的话可以永远留下来，我们姐妹相称。
宁古塔，郑芝龙戴着铁链，坐在牢里，面容枯槁，他从窗格子里仰望天上的南飞雁。郑渡等一群男女眷属，在清兵的监督下，在园子里干活。
陈永华来到台湾，他找到了郭怀一、凯茵藏身的山洞。
阿甘去帮陈永华打探情报，却被揆一抓了起来，揆一说只要凯茵回到城堡来，马上就放了阿甘。
海边，将士们正忙着造船，杨旭对郑芝魁监工的船只质量很不满意，你郑芝魁难道想葬送郑家军。郑芝魁说去台湾才是葬送郑家军。
何斌把台湾鹿耳门港潮汐图交给陈永华，他说，是凯茵配合我探测多日，才摸清了这条航路。
揆一求琳达帮忙找凯茵回来，揆一说实在太爱那个带点野性的姑娘了，可她准备聚众闹事，让他头痛得很，为了国家的利益他也是不得已。她父亲是在乱军中被杀而自己真的是不在场，怎么会杀她阿玛呢？琳达可以去告诉凯茵，只要她回来，明天他就放阿甘。琳达摇摇头，揆一说你难道不相信你哥哥吗？琳达说她宁愿相信郑成功。
在揆一的请求下，巴达维亚港口的荷兰舰队升帆待发。马埃祖克总督等人为樊德朗送行。他说如果台湾无战事，你就立即率舰队攻打澳门，把葡萄牙占据的这个贸易口岸夺过来。
樊德朗到了台湾，他提出要亲自去厦门走一趟，探探郑成功的虚实。在厦门的海面上，樊德朗只看见了几只渔舟商船外，而没有见到战舰，陈永华说，去年北伐失利，舰队十有八九都惨遭毁灭，要重振水师的雄风，非十年不可呀。夜晚，樊德朗又亲自前往郑成功水军营地，依然没有发现一只战舰的影子。
郑经婚礼，久未好好梳理的柳圆圆精心打扮了一番，郑经见到柳圆圆双眼发直，他已经忘了新娘的存在。
对是否收复台湾，郑成功的将士们展开了激烈地争论，许多人以种种理由不愿离开厦门去攻打台湾。就连马信都说自己是马背上长大的，不识水性，无法带兵在海上打仗。
郑成功来见沈佺期，他告诉沈佺期虽然决心已定要打台湾，但海峡风急浪高，深不可测，红毛又是船坚炮利，不得不做充分的准备。沈佺期将一个葫芦交给郑成功，他说这是自己在万石岩上采集的圣水，一个月只有一滴，神奇无比，带上它，你随时可以看见那片吉祥的彩云。
郑成功亲自前往马信府上说服马信，希望马信能与自己一道驱除荷夷，再以台湾与金厦为基地，光复大明。马信心悦诚服表示愿当先锋带兵东征。
陈永华和凯茵从台湾回到厦门，他带凯茵见到郑成功，告诉郑成功这就是卡麦长老的女儿，现在的高山族女酋长，她已经带领群众做好了接应大军的准备。郑成功有些不相信自己的眼睛，凯茵望着英俊的郑成功呆住了。陈永华说，凯茵你平时灵牙利齿今天怎么不说话了？凯茵这才反应过来，她说国姓爷怎么不认得我了？我请你喝过鹿血，跳过舞呢！郑成功说是呀，可我都不敢相信眼前就是你。凯茵说自从父亲去世后一直觉得无依无靠，来到厦门就象回到了自己家里。凯茵告诉郑成功樊德朗只留下四艘战舰，其余的战舰他都带走攻打澳门去了。
揆一召集高山族许多社的长老会议，阿德苟让被任命为大肚社的长老，他对揆一感激涕零。
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