第十集
周军涛故意向包建国透露工作组要到东江找胡思清妹妹取证的情报，这招“引蛇出动”果然奏效，包建国沉不住气了，马上与唐传彪接头，让唐传彪派人到四川把胡思清干掉，但这一切都被随后跟踪的公安小孙用相机拍了下来，正当三名黑社会人员对胡思清狠下杀手时，公女小孙与当地公安及时赶到，经过一轮交火，在枪口下救出了胡思清。但胡思清不甘心就此被擒，伺机潜逃，乘范劲松和林汝秋松懈之时，越窗逃走，被武警击中腿部，抓了回来。
刚动完手术尚未康复的宋常委密切关注着案件的发展，不听医生的劝阻，亲自参加了海关宽严大会。中央工作组鉴于吴亚深、姚锦云两人坦白交代，有立功表现，给予从宽处理，而江鹏认罪态度差，移交检察机关。这一严宽有度的处理方式，对涉案人员的思想触动很大，不出几日，工作组办公室门前人头涌涌，许多人在家属的陪同下，带着赃款踊跃自首。
第十一集
南港最大的鳄鱼终于浮出水面，省委常委决定将崔大同调离南港市，由马中杰继任市委书记。马中杰痛心地看着这个得天独厚的港口城市被走私害得满目疮痍，决定在任内狠抓廉政建设，重塑南港形象。
一名化装成医生的人，骗过警察的眼睛，蒙混过关，进入胡思清的病房，正要下毒手时，被警察发现，迅速制服。在工作组的眼皮底下如此胆大妄为，背后肯定另有主谋，工作组决定使一招“请君入瓮”。钟逸凡首先派人跟踪包建国，并故意让他发现，造成心理上的压力，然后亲自责问包建国，为什么他任分局局长时，分局会把扣押的走私物品交唐传彪处理。已成惊弓之鸟的包建国开始坐立不安，他满以为利用弟弟的调虎离山计可以使他顺利脱身，就在他登机前的一刻，被早已埋伏在那里的公安人员抓获。
第十二集
一个多月过去了，对黄诗扬的审讯还没有找到突破点，工作组也查访了大量的人证、物证，但查证工作依然进展缓慢。
范劲松和林汝秋在船代公司查案时，发现了一张有明显涂改痕迹的舱单，签单的业务员叫卢怡新。为了弄清情况，林汝秋不辞劳苦地跑到乡下找到了卢怡新，卢怡新交出了一笔赃款和一本笔记本，笔记本里详细记录了该公司每次走私的具体时间、地点和金额。
专案组根据笔记本里的原始数据，再结合码头的卸货量，调查工作进展神速。在另一条线上。以马中杰为首的南港新市委，聚集警界精英，对石头镇的黑恶势力展开大张旗鼓的扫荡，把藏污纳垢的黑点一并清除，使犯罪分子无处遁形，整场战斗进入了关键的决胜阶段。
第十三集
扫黑行动大获全胜，中央也认定了专案组的工作方式，自此专案组全面投入了资料核对阶段。正当全组上下被胜利的喜悦笼罩着，在热火朝天地工作时，林汝秋倒下了。原来由于过度劳累，林汝秋的病情日益严重，医生诊断为“癌症晚期”，林汝秋知道自己时日不多，竟然隐瞒病情，继续投入战斗。
林汝秋给妻子拨了个电话，为女儿留下了一盒录音带后，悄然离开了人间，离开了与他并肩战斗的战友。
面临行刑那一刻越来越近，李国雄的心绪也越来越乱，终于被鲁雷巧妙地攻下了最后一道心理防线，愿意交出香港公司的所有资料。
第十四集
顽固不化的胡思清仍在做垂死挣扎，工作组怎样也撬不出一句半句话。事情终于出现了转机，胡思清以2万元贿赂小护士，让她为自己送信，但小护士却把纸条交给了工作组，工作组将计就计，把重点转移到胡思清家属身上，池雪抓住母亲疼爱女儿的心理，令胡妻说出存款放在乡下亲戚家。工作组马不停蹄地赶到胡妻妹家，但胡妻妹拿出一张两千元的存折，想蒙混过关，为此，两姐妹大打出手。经过一番金钱与亲情的斗争后，胡妻妹无奈交出赃款230万元。
看着工作组拿着自己的存折，胡思清的故事再也编不下去，他彻底崩溃了。
第十五集
崔大同被工作组停止工作并接受组织审查，而崔大同本人则不动声色地面对一切指控，并矢口否认。由于崔大同平时办事非常小心，对于涉及钱的事从来不亲自出面，总是由崔小庆接收，所以工作组一时没有足够的证据给他定罪。
藏身在广西的崔小庆奈不住寂寞，带着几个随从到夜总会里花天酒地，四处张扬，引起了公安部门的注意，并把此信息传回工作组。工作组派小孙等几位警员即赴广西明察暗访，几经周折找到了崔小庆的老巢，正当小孙确认了崔小庆的身份，准备采取行动之时，突然警笛大作，一批警察涌入酒店进行突击扫黄行动，打草惊蛇。崔小庆又一次趁着混乱逃走了。
在南港市委的关心下，停工已久的生物园工程又如火如茶地开起工了，舒琴衷心地感谢政府的支持、马中杰在与舒琴的谈话中突然想起舒琴的合作伙伴霍炳昌撤资的事情有可疑，舒琴也回忆起霍炳昌的一句酒后“真言”，说霍炳昌手中掌握着一盒录音带，里面可能是崔大同的一个致命证据。
听到这一消息后，工作组马上赶去香港霍炳昌家，向霍妻了解情况。
第十六集
池雪终于在香港见到了霍炳昌。霍炳昌依然心存忌讳，经池雪耐心说服，霍炳昌愿意做证人，拿出了录音带，并亲手书写了一份材料。
录音带里是霍炳昌和崔大同的对话，崔大同接受了一张霍炳昌给的面额为200万元的香港银行支票。同时工作组出示了一张转帐单，那张支票上的名字不是崔小庆，而是“崔同庆”。听完录音带后，面对确凿的证据，崔大同呆若木鸡，知道大势已去。
岳美凝决定交出黄诗扬放在她那里的赃款赃物，于是，省检察院的石磊来到岳美凝在香港的家里，岳美凝的丈夫耍手段，只肯交出一些无足轻重的东西，池雪知道此事后，马上把岳美凝以书面形式写的委托书送到香港，依法拿回了赃款。
马中杰和舒琴到香港招商引资，特意拜访了原来撤资的林老板，并以耐心和坦诚再次打动了他。
第十七集
刹住了走私这股歪风，南港市的经济逐步走上了健康的轨道，省委的经济扶持，港商的大力投资，使石化厂、招商会、生物园等项目搞得有声有色。
经过近3个月艰苦卓绝的战斗，9.26大案已经胜利在望，工作组的成员也分头回家过团圆年了。
在小孙与小梅简朴的婚礼上了，周军涛和追捕组的全体干警借此机会欢聚一堂，鲁雷尽显顽皮本色，频出坏点子捉弄两新人，把大家乐得前翻后仰。新婚宴会还未结束。众干警又接受了新的任务，在石头镇抓到了唐传彪的随从，并摸准了唐传彪的行踪。
第十八集
年初二，正当唐传彪出现在福州大酒店时，被同伙的喊声惊动，欲拔枪反抗，小孙机警地用行李车把唐传彪撞倒，众人扑上去，将他擒获。
根据唐传彪的口供，工作组决定顺藤摸瓜，摘掉崔小庆这个毒瘤，工作组在海南小岗村外围布下了天罗地网。崔小庆等不到唐传彪，觉得事情不妙，正要窜逃，公安马上把他包围，这群亡命之徒为逃避追捕，在公路上疯狂飞车。小孙紧紧地跟在崔小庆的车后，突然小孙为躲避一位老人，车轰然撞到了树上，为追捕犯罪分子献出了自己年轻宝贵的生命。飘飘洒洒的细雨，泪眼婆娑的小梅，神色凝重的战友，都在惋惜一个永远逝去的年轻生命。
崔小庆终于被抓获了。随着六声枪响，9.26大案也划上了圆满的句号。
但这六声枪响，却像省略号一样，远没有结束，并将长久地回荡在人们的心头……
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