第二十一集
在那女子的墓前，无休说出了事情的原委。孝宗认为两年前出现的“十八学士”是当年的夫人栽种的，但土坟的出现说明夫人早已辞世，茶花的出现只是巧合。事情的真相已经查明，也该是回去述职的时候了，面对离别，不懂很是不舍。
就在此时，郑王的人马又冲入书院。他此行的目的是带走太子，不想被宁王捷足先登。郑王无奈之余，迁怒于墨林，逼应院士在一日内交出他编纂的《元史纲领》。就在郑王走后不久，有人发现《元史纲领》中有错漏，被好事之徒利用的话，也许会发动一场文字狱。墨林为了不连累学生，决定关闭书院遣散学生回家。但是在不懂的熏陶下，学生们已经成为了与书院共存亡的有情有意的一群人。在不懂的指挥下，大家协同合作，终于化险为夷，保住了书院。
经历了种种的磨难，籽福和乐文终于重归于好。
第二十二集
乡试终于到来，在大家的努力下，全书院的学生都考中了举人。大家都很开心，墨林更是欣慰。想当年他正是由于不愿介入朝廷中的党争，才愤而辞官办学的。办书院就是为了有抱负有活力的学生，如今书院所呈现出的景象正是他所期待的，而这要感谢不懂，是他改变了书院的风气。
无休的失忆症越来越严重，他把不懂叫到身边，告诉不懂他有一个儿子。原来，二十年前，一次无休带兵打仗，回来后发现妻子带着儿子离去了。他告诉不懂就是为了让他提醒自己别忘记这个儿子。不懂拒绝了，他不要提醒无休，他要帮无休找到儿子，让他陪在无休身边。
不懂和无休终于要离开了，临走的前一晚，大家不约而同的回到黄班的教室，上了不懂的最后一节德业课。翌日，籽言也跟随不懂一同上路，她嘴上说是要假扮男装考取功名，实际上她是舍不得不懂。不懂回到京城，惊讶地发现，原来那个没自信的朱正正是当今太子。
第二十三集
孝宗已经病重，各路藩王带兵聚集京城，只等皇帝病逝，便起兵夺位。就在危机四伏之时，孝宗命不懂为太仆兼大学士，官拜一品，统帅六部尚书，扶植太子。孝宗临终前，看到不懂手中的手帕后，悲从中来，责怪自己任命不懂官职，劝不懂远离皇宫，并用尽最后的力气说了声“对不起”。不懂望着孝宗逝去，心中一阵莫名的痛楚。
孝宗驾崩，诸藩王正要行动，岂料孝宗留下遗诏，以政治手段暂时稳住了诸王。大家一时不敢轻举妄动。太子即位，改国号为正德。其实孝宗命不懂为太仆是有他的打算的。他希望不懂能像在书院中般春风化雨，感化朝中党派分明的大臣，同时扰乱藩王们的部署，给正德多一点时间来稳固政局。
第二十四集
尽管六部尚书都看不起不懂，但这难不倒不懂。他以太仆的身份，用稀奇古怪的方法，把六部尚书弄的哭笑不得。就在此时，不懂发现兵部尚书巫大勇便是无休的儿子。谁料大勇竟不肯与父亲相认。原来尽管无休时常吹嘘自己的英勇，当年却因为贪生怕死贻误战机，致使全军覆没，大将军也战死沙场。幸好孝宗仁慈，并未对此事追究，但无休却一蹶不振，终日以酒度日，妻子忍无可忍便带着儿子回到乡下。从此大勇便活在鄙夷的眼光中，取得今天的地位，完全是凭借了他的不懈努力和勇气。他看不起无休，认为无休没有资格当他的父亲。不懂和籽言听了大勇的讲述后惊呆了，他们认为无休是因为病重才杜撰出自己在沙场的英勇表现。
第二十五集
大勇在党派之争中犯下了大错，正在性命不保之时，发现无休顶替了他的罪名，身陷狱中。不懂想出办法弥补了大勇的错误，同时他查出，当年战败并非无休怕死，是大将军的失误，无休是不想将军在死后背负恶名，才将罪名揽在身上的。孝宗也是因为知悉原委，才不加以追究的。大勇得知一切，深悔自己的行为，父子和好如初。
不懂得到大勇的支持，朝政开始走上轨道，但以洛亦为首的另一党派成了不懂执政的大患。洛亦就是洛少鹄的父亲。其实洛亦当年也是一名清官，曾为百姓与大学士大打出手。但长期处于官场，使得他只知道争权夺利，社稷百姓早已抛于脑后。
面对洛亦的多番刁难，不懂没有退缩。他在百姓面前羞辱洛亦，并在两日之内使其连降五级，由尚书降为县令。就在此时，郑王联合其他三位藩王，准备合谋起兵，要置正德于死地。
第二十六集
郑王为首的四王表面上向正德请求撤兵回藩，另一方面，却逼洛亦合作，在天亮时打开城门，以便在正德毫无准备之下杀他个措手不及。洛亦迫于形势，只得答应。他只希望在郑王夺权之后，自己能还不懂以颜色。当洛亦到县衙上任时，他惊呆了，原来不懂安排他回到自己高中后第一次任职的地方。看着百姓所送的“为民请命”的匾额，往事在洛亦心头涌起。就在四王准备入京之时，洛亦终于觉醒，连夜同大勇共同面圣，揭露郑王等人的阴谋，共谋对付四王之策。
就在郑王准备起兵入京之时，遇到宁王的埋伏，郑王成了宁王刀下之鬼。宁王计划借其他三王的势力除掉正德，然后他再提着郑王的人头进京，等三王军心混乱之际，杀他个片甲不留，然后自己再名正言顺地登基。不懂面对三王的人马座怀不乱，凭借自己的聪明才智再次化解了危机。从此，朝中百官都积极与不懂合作，不懂在民间的声望也日趋高涨。正在此时，大明与瓦剌在边境发生冲突，瓦剌大军在半个月内连陷多城，大明告急，正德只好与瓦剌言和。瓦剌派出太子和六皇子作为和使来谈判。
第二十七集
瓦剌太子深懂汉学又很聪敏，出了多道难题刁难正德，幸而都被不懂化解。瓦剌太子见到大明朝中有像不懂一样的聪敏之士，实在不易对付，决定诚心与大明言和。但就在正德招待和使的国宴上，瓦剌太子竟神秘遇刺身亡。瓦剌大汉恼羞成怒，调集全国军民，誓与大明决一死战。
其实这也是宁王布下的阴谋，瓦拉大军之所以能势如破竹，全是宁王通风报信。他计划不费吹灰之力夺取皇位。瓦剌大军压境，京城告急。危急时刻，宁王闯入瓦剌军中，提出议和，在六皇子的推波助澜下，瓦剌大汉终于应允。宁王领着六皇子回到京城，百姓夹道欢迎，大家认为是他带来了和平，宁王的声望如日中天。六皇子入宫见正德，提出的条件一是找到杀害太子的凶手，另一条则是要正德下台。
第二十八集
听到瓦剌六皇子的议和条件后，文武百官一片哗然，正德也苦于没有对策。宁王单独面见正德，他的狐狸尾巴终于露出来了。他逼迫正德退位，扬言正德不答应就血洗京城。正在不懂和正德冥思苦想之时，一件惊天动地的秘密被揭露出来。原来孝宗一直寻访的女子就是不懂的母亲，当年母子俩幸免于难，姚氏带着不懂四处躲藏。也就是说，不懂是孝宗的骨肉，且按照明朝惯例，不懂年长，他才应是真命天子。
宁王得知此事也十分震惊，随即派人追杀不懂，不懂虽逃过大劫，但其母却死在宁王手上。母亲死后，不懂陷入人生的最低潮，他无法面对正德，他和正德是好朋友，但他又是正德的哥哥，可皇位又应属于他自己。他不知道事情会如何发展，他不敢想象。他只记起孝宗和母亲在临死前都劝他远走他乡，不懂遂决定离开皇宫。
第二十九集
这时正德也正面临难关。他也不只应如何处理与不懂的关系。但他明白无论如何也不能把父亲传下的帝位拱手让与宁王，他需要和不懂联手打垮宁王。最终，不懂在正德的苦苦恳求和籽言的劝解下，终于留下来了。不懂查出杀害瓦剌太子的不是别人，正是六皇子。原来宁王和六皇子串通好抢夺各自国家的王位。阴谋败露后，宁王恼羞成怒，起兵攻城。本来宁王稳操胜卷，谁知紧要关头，不懂的学生、迦业寺的和尚、百姓们看清了宁王的真面目，都赶来帮忙。宁王最终败在了他一直利用的百姓手上。
局势平定下来了，但真正的暗涌才刚开始。
第三十集
此时，正德和不懂不得不面对二人的关系——皇位的归属问题。不懂没有名利心，大家都很清楚，但，不懂的存在始终是个危机。且藩王势力仍然割据着，纷争一起，好事之徒必将乘机闹事，刚稳定下来的局面又将失控，天下又将大乱。
面临选择，正德很痛苦。不懂不仅是他的哥哥，也是他最好的朋友，更是令他重获自信的老师。但是面对江山社稷，他不得不选择将不懂赐死。不懂明知是鸿门宴，却不得不前往。他不知这是命运还是天意，他也理不清头绪，但他知道未来的一切他只能选择去面对。
终于，不懂踏进皇宫，与正德迎面而坐，两人举杯，往事如梦幻般浮现眼前，不懂下了人生最大的赌注，仰首把面前的酒喝下……
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